- 減輕重複課稅的情形。
- 如何定義「重複課稅」？那消費稅和所得稅算不算重複課稅？有很多現象都比兩稅合一更不合理，但大家似乎都能接受。若是同一個標的課兩次，才是比較明顯的重複課稅。（殷乃平）
- 降低稅負，提高投資誘因。
- 投資是否有提高？
- 兩稅合一外國股東不適用。若國內有投資機會，國內人會先投資，所以「最後一塊錢」的投資應該是來自外國。（陳國樑）
- 稅收損失太大。
- 產生藉保留盈餘規避稅負之誘因。
- 所得分配惡化。
- 高度懷疑兩稅合一是造成所得分配惡化的原因之一：（陳國樑）
- 根據財政部財稅資料中心資料，以九十五年度為例，年所得1千萬元以上的最高所得納稅戶，僅占全國總納稅單位的千分之1，但因其68.83％的全年所得係來自於股利。因股利所得所含的營利事業所得稅，准予扣抵其綜合所得稅，即可享受186億元的扣抵稅額，占全國可扣抵稅額總額793億元的23％。
- 立法院預算中心依財政部財稅資料中心96年度綜所稅統計專冊資料，最低5%所得組平均每戶僅有1,945元扣抵稅額，總扣抵稅額為5.22億元；最高5%所得組平均每戶可享有19萬987 元扣抵稅額，總扣抵稅額512.93億元，占全部股利所得扣抵額比重達56.88%。換言之，全部股利所得扣抵稅額中近六成集中於約26萬戶金字塔頂端的高所得階層。